อุทยานแห่งชาติถ้ำสะเกิน มีพื้นที่ประมาณ 15,520 ไร่ มีลักษณะภูมิประเทศเป็นเทือกเขาสูงสลับซับซ้อน ยอดดอยจี๋เป็นยอดเขาที่สูงที่สุด ซึ่งมีความสูงจากระดับน้ำทะเลประมาณ 1,752 เมตร เป็นต้นกำเนิดถึงสามลุ่มน้ำด้วยกัน คือ ลุ่มน้ำยมตอนบน ลุ่มน้ำยาวตอนบน และลุ่มน้ำลาว ซึ่งลุ่มน้ำสามสายนี้ เป็นต้นน้ำสายหลักของประเทศไทย คือ แม่น้ำยม และแม่น้ำน่าน ประกอบเป็นพื้นที่ป่าไม้ที่หลากหลาย เช่น ป่าดิบเขา ป่าดิบชื้น ป่าดิบแล้งและป่าเบญจพรรณ เหมาะสำหรับการเดินชมป่าและน้ำตก และเที่ยวดอยในฤดูหนาว